Rename the ssh credentials

The names from libssh2 are somewhat obtuse for us. We can simplify the
usual key/passphrase credential's name, as well as make clearer what the
custom signature function is.

Merge pull request #1897 from libgit2/split-patch-from-diff

RFC: Proposed reworking of diff APIs

Fix typo

Implement `git_odb_object_dup`

Implement patience and minimal diff flags

It seems that to implement these options, we just have to pass
the appropriate flags through to the libxdiff code taken from
core git.  So let's do it (and add a test).

Fix warnings for win64

Create git_diff_line and extend git_diff_hunk

Instead of having functions with so very many parameters to pass
hunk and line data, this takes the existing git_diff_hunk struct
and extends it with more hunk data, plus adds a git_diff_line.
Those structs are used to pass back hunk and line data instead of
the old APIs that took tons of parameters.

Some work that was previously only being done for git_diff_patch
creation (scanning the diff content for exact line counts) is now
done for all callbacks, but the performance difference should not
be noticable.

Merge pull request #1903 from ethomson/ssh

Allowed credential types should be a bitfield

Allowed credential types should be a bitfield

Tweak to git_diff_delta structure for nfiles

While the base git_diff_delta structure always contains two files,
when we introduce conflict data, it will be helpful to have an
indicator when an additional file is involved.

Merge pull request #1900 from haneefmubarak/patch-1

license clarification + formatting all over

slightly clarified the "license" portion of `README.md" + formatting all over

fixed typo `can can` -> `can`

slightly clarified the "license" portion of `README.md" + formatting all over

added the second change suggested by @nulltoken (with two extra words :) )

slightly clarified the "license" portion of `README.md" + formatting all over

There are commercial open source applications, hence proprietary seems to be a better term.

Also:
 - Trimmed header `=`'s to match text length
 - made libgit2 stand out everywhere
 - pretty printing links
 - irc link for those with the correct setup

Merge pull request #1702 from ethomson/checkout_merge

Checkout merge

Move path prefixed help to path.h

Move functions in checkout_conflicts to checkout.c

It seemed exceptionally silly to have a split there
where no split needed to be.

Two-step conflict checkout (load / perform)

Move conflict handling into two steps: load the conflicts and
then apply the conflicts.  This is more compatible with the
existing checkout implementation and makes progress reporting
more sane.

Honor UPDATE_ONLY bit when checking out conflicts

Fix warning, fix memory leak

Don't overwrite ~ files checking out conflicts

If a D/F conflict or rename 2->1 conflict occurs,
we write the file sides as filename~branchname.  If
a file with that name already exists in the working
directory, write as filename~branchname_0 instead.
(Incrementing 0 until a unique filename is found.)

Get rid of some quick hacks

checkout rename conflicts

rename conflict tests for checkout conflicts, don't suffix filenames
when checking out with USE_OURS or USE_THEIRS

Prevent checkout_tree when conflicts exist, clear NAME on checkout tree

Prevent checkout tree when unresolved changes exist (unless FORCE flag
is specified).  Clear NAME table when checking out, to avoid
checkout_conflicts from attempting to manipulate it.  Ensure that NAME
is also cleared at reset.

checkout (from index) can write conflicts

tests for checkout index with conflicts

Diff API cleanup

This lays groundwork for separating formatting options from diff
creation options.  This groups the formatting flags separately
from the diff list creation flags and reorders the options.  This
also tweaks some APIs to further separate code that uses patches
from code that just looks at git_diffs.

Rename diff objects and split patch.h

This makes no functional change to diff but renames a couple of
the objects and splits the new git_patch (formerly git_diff_patch)
into a new header file.

Merge pull request #1562 from libgit2/cmn/refs-namespace-lookup

Provide the user with a more useful error code when a looking up a reference which name points to a namepace

futils: return GIT_ENOTFOUND when trying to read a directory

This lets the reference code return not-found when the user asks to
look up a reference when in fact they pass a namespace.

Merge pull request #1898 from arthurschreiber/patch-2

Fix a typo in the rpm build instructions.

Fix a typo in the rpm build instructions.

After iconv init reset ref normalize error

The iconv init was accidentally clearing the default error state
during reference normalization. This resets so that normalization
errors will be detected correctly.

Merge pull request #1886 from libgit2/precompose-utf8

Add support for core.precomposeunicode on Mac

Rename new fn to git_repository_reinit_filesystem

Make reference lookups apply precomposeunicode

Before these changes, looking up a reference would return the
same precomposed or decomposed form of the reference name that
was used to look it up, so on MacOS which ignores the difference
between the two, a single reference could be looked up either way
and git_reference_name would return the form of the name that was
used to look it up!  This change makes lookup always return the
precomposed name if core.precomposeunicode is set regardless of
which version was used to look it up.  The reference iterator was
already returning the precomposed form from earlier work.

This also updates the CMakeLists.txt rules for enabling iconv
usage because the clar tests for this code were actually not being
activated properly with the old version.

Finally, this moves git_repository_reset_filesystem from include/
git2/repository.h to include/git2/sys/repository.h since it is not
really a function that normal library users should have to think
about very often.

Merge pull request #1895 from libgit2/winhttp-accept

WinHTTP: set Accept header for POSTs

Combine WinHTTP API calls

Case sensitivity issues on Linux

A couple of tests were actually dealing incorrectly with case
sensitivity issues on Linux because they were relying on having
core.ignorecase set to true.  Now that the fixture initialization
sets the case sensitivity to be accurate for the platform, it
exposed bugs in these tests.

Add Assembla unit test

WinHTTP: set Accept header for POSTs

More filemode cleanups for FAT on MacOS

This cleans up some additional issues.  The main change is that
on a filesystem that doesn't support mode bits, libgit2 will now
create new blobs with GIT_FILEMODE_BLOB always instead of being
at the mercy to the filesystem driver to report executable or not.
This means that if "core.filemode" lies and claims that filemode
is not supported, then we will ignore the executable bit from the
filesystem.  Previously we would have allowed it.

This adds an option to the new git_repository_reset_filesystem to
recurse through submodules if desired.  There may be other types
of APIs that would like a "recurse submodules" option, but this
one is particularly useful.

This also has a number of cleanups, etc., for related things
including trying to give better error messages when problems come
up from the filesystem.  For example, the FAT filesystem driver on
MacOS appears to return errno EINVAL if you attempt to write a
filename with invalid UTF-8 in it.  We try to capture that with a
better error message now.

Merge pull request #1894 from libgit2/cmn/tree-raw

tree: allow retrieval of raw attributes

tree: allow retrieval of raw attributes

When a tool needs to recreate the tree object (for example an
interface to another VCS), it needs to use the raw attributes,
forgoing any normalization.

Merge pull request #1890 from libgit2/multiple-init

Multiple init

Don't use git_atomic as an integer

Use InterlockedCompareExchange for the lock

Posix synchronized init, prototype win32 version

Add test for multiple thread init/shutdown

Add git_repository_reset_filesystem and fix tests

When a repository is transferred from one file system to another,
many of the config settings that represent the properties of the
file system may be wrong.  This adds a new public API that will
refresh the config settings of the repository to account for the
change of file system.  This doesn't do a full "reinitialize" and
operates on a existing git_repository object refreshing the config
when done.

This commit then makes use of the new API in clar as each test
repository is set up.

This commit also has a number of other clar test fixes where we
were making assumptions about the type of filesystem, either based
on outdated config data or based on the OS instead of the FS.

Merge pull request #1892 from libgit2/ntk/topic/index_read

Make git_index_read() cope with external additions and removals of the index file

index: Make _read() cope with index file creation

index: Enhance documentation

Tabify indentations

More cleanups to remove WIN assumptions

This cleans up more of the test suite to check actual filesystem
behavior instead of relying on Windows vs. Mac vs. Linux to test.

Update repo init with fewer platform assumptions

The repo init code was assuming Windows == no filemode, and
Mac or Windows == no case sensitivity.  Those assumptions are not
consistently true depending on the mounted file system.  This is a
first step to removing those assumptions.  It focuses on the repo
init code and the tests of that code.  There are still many other
tests that are broken when those assumptions don't hold true, but
this clears up one area of the code.

Also, this moves the core.precomposeunicode logic to be closer to
the current logic in core Git where it will be set to true on any
filesystem where composed unicode is decomposed when read back.

Clean up annoying warnings

The indexer code was generating warnings on Windows 64-bit.  I
looked closely at the logic and was able to simplify it a bit.

Also this fixes some other Windows and Linux warnings.

Wrap iconv stuff and write tests

This adds a simple wrapper around the iconv APIs and uses it
instead of the old code that was inlining the iconv stuff.  This
makes it possible for me to test the iconv logic in isolation.
A "no iconv" version of the API was defined with macros so that
I could have fewer ifdefs in the code itself.

Simplify git_path_is_empty_dir implementation

This simplifies git_path_is_empty_dir on both Windows (getting rid
of git_buf allocation inside the function) and other platforms (by
just using git_path_direach), and adds tests for the function, and
uses the function to simplify some existing tests.

Add to Git authors who have agreed to relicense

In email, Torsten Bögershausen agreed that we could use his code
from core Git in libgit2 under the modified license.  Also, since
his work is the basis for much of the precompose unicode support,
I have added him to the AUTHORS file as well.

Initial iconv hookup for precomposed unicode

This hooks up git_path_direach and git_path_dirload so that they
will take a flag indicating if directory entry names should be
tested and converted from decomposed unicode to precomposed form.
This code will only come into play on the Apple platform and even
then, only when certain types of filesystems are used.

This involved adding a flag to these functions which involved
changing a lot of places in the code.

This was an opportunity to do a bit of code cleanup here and there,
for example, getting rid of the git_futils_cleanupdir_r function in
favor of a simple flag to git_futils_rmdir_r to not remove the top
level entry.  That ended up adding depth tracking during rmdir_r
which led to a safety check for infinite directory recursion.  Yay.

This hasn't actually been tested on the Mac filesystems where the
issue occurs.  I still need to get test environment for that.

Put hooks in place for precompose in dirload fn

This doesn't actual do string precompose but it puts the hooks in
place into the iterators and the git_path_dirload function so that
the actual precompose work is ready to go.

Add check if we need to precompose unicode on Mac

This adds initialization of core.precomposeunicode to repo init
on Mac.  This is necessary because when a Mac accesses a repo on
a VFAT or SAMBA file system, it will return directory entries in
decomposed unicode even if the filesystem entry is precomposed.

This also removes caching of a number of repo properties from the
repo init pipeline because these are properties of the specific
filesystem on which the repo is created, not of the system as a
whole.

Merge pull request #1888 from jamill/network_cancellation

network cancellation improvements

Style tweaks and changes for code review feedback

Merge pull request #1887 from libgit2/ntk/topic/git_message_raw

commit: Introduce git_commit_message_raw()

commit: Introduce git_commit_message_raw()

Merge pull request #1889 from libgit2/relative-redirect

HTTP: handle "relative" redirects

HTTP: handle "relative" redirects

Fix broken online push tests

Support cancellation in push operation

This commit adds cancellation for the push operation. This work consists of:

1) Support cancellation during push operation
    - During object counting phase
    - During network transfer phase
        - Propagate GIT_EUSER error code out to caller
2) Improve cancellation support during fetch
    - Handle cancellation request during network transfer phase
    - Clear error string when cancelled during indexing
3) Fix error handling in git_smart__download_pack

Cancellation during push is still only handled in the pack building and
network transfer stages of push (and not during packbuilding).

Merge pull request #1855 from libgit2/cmn/clone-into

An alternative for 'clone' with options

clone: put the callbacks struct directly in the clone options

There's no need for this to be a pointer to somewhere else.

remote: add some comments to the callback struct

Hopefully clear up what they're for.

clone: mention clone_into in the clone documentation

Make the difference more explicit.

clone: bring back NULL as defaults

This wasremoved as part of the large culling a few commits ago.

clone: re-allow using a custom remote name

This is a small thing that by itself doesn't quite justify making the
user use clone_into.

clone: const-ify checkout options

The removal of many options which lead to the direct usage of the
user's checkout options means we should make sure they remain const.

clone: re-add a way to ignore certificate errors

This used to be done via transport flags, which was removed in a
previous commit.

clone: remove more options from basic clone

The basic clone function is there to make it easy to create a "normal"
clone. Remove a bunch of options that are about changing the remote's
configuration.

clone: implement git_clone on top of git_clone_into

Unify the code bases.

clone: remove the autotag option

Downloading all tags is part of what makes it a clone instead of
simply a fetch.

remote: add a convenience 'fetch' function.

clone: implement git_clone_into

This allows you to set up the repository and remote as you which to
have them before performing the clone operation.

remote: move the credentials callback to the struct

Move this one as well, letting us have a single way of setting the
callbacks for the remote, and removing fields from the clone options.

remote: put the _download() callback with the others

The text progress and update_tips callbacks are already part of the
struct, which was meant to unify the callback setup, but the download
one was left out.

Merge pull request #1885 from ethomson/transport_register

Add git_transport_register, git_transport_unregister

Add git_transport_register, git_transport_unregister

Mark git__timer as inline on OSX

Merge pull request #1882 from linquize/config-subsection-fix

Config subsection name should allow to have ']' and '\\' should allow to escape any characters

Add negative test cases for config header with invalid characters

Add test case to test ']' and '\\' characters in config subsection

Config subsection name should allow to have ']' and '\\' should allow to escape any characters

Merge pull request #1879 from libgit2/redir-refactor

Redir refactor

Merge pull request #1412 from jamill/push_progress

Initial Implementation of progress reports during push

Merge pull request #1881 from libgit2/ignore-submodules-in-stash

Never consider submodules for stashing

Ensure submodule repos and indices are freed

...before the helper's cleanup method tries to delete their files.

Merge pull request #1878 from libgit2/ntk/fix/warnings

Fix x86/x64 size_t related warnings

Initial Implementation of progress reports during push

This adds the basics of progress reporting during push. While progress
for all aspects of a push operation are not reported with this change,
it lays the foundation to add these later. Push progress reporting
can be improved in the future - and consumers of the API should
just get more accurate information at that point.

The main areas where this is lacking are:

1) packbuilding progress: does not report progress during deltafication,
   as this involves coordinating progress from multiple threads.

2) network progress: reports progress as objects and bytes are going
   to be written to the subtransport (instead of as client gets
   confirmation that they have been received by the server) and leaves
   out some of the bytes that are transfered as part of the push protocol.
   Basically, this reports the pack bytes that are written to the
   subtransport. It does not report the bytes sent on the wire that
   are received by the server. This should be a good estimate of
   progress (and an improvement over no progress).

Merge pull request #1883 from libgit2/ntk/fix/empty_first_commit_line

Remove leading newlines from commit message