Fix compilation on OpenBSD

Merge pull request #1260 from phkelley/development

Fix really bad error handling in git_smart__negotiate_fetch

Fix really bad error handling in git_smart__negotiate_fetch

Merge pull request #1258 from zcbenz/fix_index_remove_test

Fix linking error caused by ddcb28a41f3774e26fc6ae0a7174a5565e4749ce.

Fix linking error caused by ddcb28a41f3774e26fc6ae0a7174a5565e4749ce.

Merge pull request #1239 from ethomson/index_remove

add an index_remove_bypath that removes conflicts

Merge pull request #1256 from arrbee/asciify-test-data

Move all non-ascii test data to raw hex

Merge pull request #1257 from ethomson/crlf_test_fix

add a git config, don't run crlf tests on non-win32

add a git config, don't run crlf tests on non-win32

Move all non-ascii test data to raw hex

This takes all of the characters in core::env and makes them use
hex sequences instead of keeping tricky character data inline in
the test.

Merge pull request #1244 from carlosmn/pack-evict

A comparison of eviction algorithms for the delta base cache

Merge pull request #1247 from sba1/dont-segfault-if-transport-doesnt-support-push

Don't segfault if transport doesn't support push.

Merge pull request #1255 from arrbee/fix-signed-commit-header-parsing

Add skipping of unknown commit headers

Merge pull request #1254 from ethomson/index_filtered_size

cache should contain on-disk (filtered) file size

Test that pushs properly fail for transports that don't provide a push implementation.

Add skipping of unknown commit headers

This moves the check for the "encoding" header into a loop which
is just scanning for non-required headers at the end of a commit
header.  That loop will skip unrecognized lines (including header
continuation lines) until a terminating completely blank line is
found, and only then does it move to reading the commit message.

cache should contain on-disk (filtered) file size

Don't segfault if transport doesn't support push.

Instead, set an more informative error message.

Merge pull request #1211 from arrbee/fix-icase-status-file

Fix case insensitivity issues in git_status_file

Merge pull request #1248 from sba1/doc-fix

Some doc improvements in transport.h

Merge pull request #1245 from nulltoken/topic/git_branch_tracking_name

Introduce git_branch_tracking_name()

branch: Introduce git_branch_tracking_name()

Fix indentations

Some doc improvements

Shortcut spool and sort for empty iterator

Support case insensitive tree iterators and status

This makes tree iterators directly support case insensitivity by
using a secondary index that can be sorted by icase.  Also, this
fixes the ambiguity check in the git_status_file API to also be
case insensitive.  Lastly, this adds new test cases for case
insensitive range boundary checking for all types of iterators.

With this change, it should be possible to deprecate the spool
and sort iterator, but I haven't done that yet.

Add git_tree_entry_cmp and git_tree_entry_icmp

This adds a new external API git_tree_entry_cmp and a new internal
API git_tree_entry_icmp for sorting tree entries.  The case
insensitive one is internal only because general users should
never be seeing case-insensitively sorted trees.

Add git_path_icmp to case-insensitive path cmp

This adds git_path_icmp to complement git_path_cmp.

Add payload "_r" versions of bsearch and tsort

git__bsearch and git__tsort did not pass a payload through to the
comparison function.  This makes it impossible to implement sorted
lists where the sort order depends on external data (e.g. building
a secondary sort order for the entries in a tree).  This commit
adds git__bsearch_r and git__tsort_r versions that pass a third
parameter to the cmp function of a user payload.

Test for ignore_case ranges on workdir iterator

This adds a test that confirms that the working directory iterator
can actually correctly process ranges of files case insensitively
with proper sorting and proper boundaries.

Update iterator API with flags for ignore_case

This changes the iterator API so that flags can be passed in to
the constructor functions to control the ignore_case behavior.
At this point, the flags are not supported on tree iterators (i.e.
there is no functional change over the old API), but the API
changes are all made to accomodate this.

By the way, I went with a flags parameter because in the future
I have a couple of other ideas for iterator flags that will make
it easier to fix some diff/status/checkout bugs.

Fix err msg for ambiguous path in git_status_file

Returning GIT_EAMBIGUOUS from inside the status callback gets
overridden with GIT_EUSER.  `git_status_file` accounted for this
via the callback payload, but was allowing the error message to
be cleared.  Move the `giterr_set` call outside the callback to
where the EUSER case was being dealt with.

Minor iterator API cleanups

In preparation for further iterator changes, this cleans up a few
small things in the iterator API:

* removed the git_iterator_for_repo_index_range API
* made git_iterator_free not be inlined
* minor param name and test function name tweaks

Simplify git_diff__paired_foreach icase handling

status: Enhance git_status_file() test coverage

Merge pull request #1238 from nulltoken/fix/checkout-index

checkout: Teach checkout to cope with orphaned Head

Merge pull request #1242 from sba1/init-with-template-fix

Some fixes for external template support

pack: evict all of the pages at once

Somewhat surprisingly, this can increase the speed considerably, as we
don't bother trying to decide what to evict, and the most used entries
are quickly back into the cache.

pack: evict objects from the cache in groups of eight

This drops the cache eviction below libcrypto and zlib in the perf
output. The number has been chosen empirically.

Altered the description of the template.

Before, it was identical to the default template making it difficult
to check, if the proper template was copied an external template
test.

Now checks in the template test whether the description file has
been properly copied.

This is a minimal effort to test whether the template really has
been used when creating an repo with external templates.

Do not use GIT_CPDIR_CHMOD flag when copying the template.

This is an intermin solution. While this essentially disables the
--shared flag feature, previously external templates did not work
at all. This change fixes the previously corrected, and since
then failing, repo_init__extended_with_template() test.

The problem is now documented in the source code comments.

Fix Travis compilation warnings

checkout: Teach checkout to cope with orphaned Head

Fix #1236

add an index_remove_bypath that removes conflicts, renamed add_from_workdir to match

Clear local error variable after invoking giterr_clear().

pack: fixes to the cache

The offset should be git_off_t, and we should check the return value
of the mutex lock function.

tests: plug leaks

indexer: properly free the packfile resources

The indexer needs to call the packfile's free function so it takes care of
freeing the caches.

We still need to close the mwf descriptor manually so we can rename the
packfile into its final name on Windows.

Added flag GIT_REPOSITORY_INIT_EXTERNAL_TEMPLATE to test_repo_init__extended_with_template().

Otherwise the template functionallity is not tested (as a TODO we
also shall test that the specified template really got copied).

Merge pull request #1222 from scunz/clone_branch

Switch to specified branch during clone

Default git_clone_options' checkout strategy to GIT_CHECKOUT_SAFE_CREATE

buf: Is this the function you were looking for?

Kill vestigal dangling-remote code

Fixes #1232

Merge pull request #1215 from phkelley/binaryunicode

Add a failing test for CRLF filters

Fix up binaryunicode test repo

Tests: Add test for check out of given branch during clone

Test: Cleanup some cleaning code

Check for binary blobs in checkout

This adds a git_buf_text_is_binary check to blobs before applying
filters when the blob data is being written to disk.

Merge pull request #1230 from arrbee/match-core-git-diff-binary-detection

Match binary file check of core git in diff

Merge pull request #1229 from arrbee/fix-diff-patch-line-numbers

Fix diff patch line number calculation

Match binary file check of core git in diff

Core git just looks for NUL bytes in files when deciding about
is-binary inside diff (although it uses a better algorithm in
checkout, when deciding if CRLF conversion should be done).
Libgit2 was using the better algorithm in both places, but that
is causing some confusion.  For now, this makes diff just look
for NUL bytes to decide if a file is binary by content in diff.

Fix diff patch line number calculation

This was just wrong.  Added a test that verifying patch line
numbers even for hunks further into a file and then fixed the
algorithm.  I needed to add a little extra state into the patch
so that I could track old and new file numbers independently,
but it should be okay.

Revert "pack: packfile_free -> git_packfile_free and use it in the indexers"

This reverts commit f289f886cb81bb570bed747053d5ebf8aba6bef7, which
makes the tests fail on Windows. Revert until we can figure out a
solution.

Merge pull request #1227 from nulltoken/topic/emergeconflict

Introduce EMERGECONFLICT

Fix MSVC Clar compilation warnings

Fix MSVC compilation warnings

checkout: Deploy EMERGECONFLICT usage

errors: Introduce EMERGECONFLICT error code

Fix indentations

pack: That declaration

regex: Proper define for this thing

Merge pull request #1228 from carlosmn/delta-base

Introduce a delta base cache

Merge pull request #1224 from sba1/some-regex-warning-fixes

Some regex warning fixes

pack: packfile_free -> git_packfile_free and use it in the indexers

It turns out the indexers have been ignoring the pack's free function
and leaking data. Plug that.

pack: limit the amount of memory the base delta cache can use

Currently limited to 16MB (like git) and to objects up to 1MB in
size.

pack: abstract out the cache into its own functions

Merge pull request #1226 from nulltoken/fix/refspec_free

refspec: prevent git_refspec__free() from segfaulting

pack: refcount entries and add a mutex around cache access

pack: introduce a delta base cache

Many delta bases are re-used. Cache them to avoid inflating the same
data repeatedly.

This version doesn't limit the amount of entries to store, so it can
end up using a considerable amound of memory.

tests: plug a couple of leaks

refspec: prevent git_refspec__free() from segfaulting

Fix libgit2/libgit2sharp#247

regex: Fixed warnings about unused parameter values.

There are different solutions to the problem. In this change, we
define an UNUSED macro that maps to __attribute__((unused)) when
compiling with gcc. Otherwise it is a NOOP. We apply this macro
in all function headers for each parameter value that is not used
within the function body.

The change is local to regex.

regex: Fixed several warnings about signed/unsigned conversions.

Add missing git_buf_free

Implement analog for 'git checkout --branch xxx ...'

Fix possible free'ing of unitialized pointer in error case

Merge pull request #1221 from arrbee/checkout-without-pathspec-match

Add GIT_CHECKOUT_DISABLE_PATHSPEC_MATCH

Add GIT_CHECKOUT_DISABLE_PATHSPEC_MATCH

This adds an option to checkout a la the diff option to turn off
fnmatch evaluation for pathspec entries.  This can be useful to
make sure your "pattern" in really interpretted as an exact file
match only.

Merge pull request #1206 from ben/stock-auth

Expose stock user/pass credential utility

Merge pull request #1220 from ethomson/reuc_empty_sides

REUC needs to handle empty sides

REUC needs to handle empty sides

Merge pull request #1182 from libgit2/odb-file-refresh

Sane refresh logic for #1180

Merge pull request #1218 from sba1/amiga.2

Libgit2 for AmigaOS4

odb: Refresh on `exists` query too

dat errorcode

Sane refresh logic

All the ODB backends have a specific refresh interface. When reading an
object, first we attempt every single backend: if the read fails, then
we refresh all the backends and retry the read one more time to see if
the object has appeared.

Merge pull request #1219 from sba1/fetch-example-return-fix

Don't call pthread_exit() in the callback of the fetch example

Don't call pthread_exit() in the callback.

Compilers that are not aware that pthread_exit() does not return
issue a warning when compiling the present code. This change
exchanges the call to pthread_exit() with a simple return
statement. According to the pthread specification this is
equivalent.

Ignore build-amiga