errors: deploy GIT_EORPHANEDHEAD usage

errors: introduce GIT_EORPHANEDHEAD

branch: allow deletion of branch when HEAD's missing

tests: Fix unused variable warning

refs: cover more refname validity edge cases

status: querying a bare repo returns EBAREREPO

diff: workdir diffing in a bare repo returns EBAREREPO

Merge pull request #993 from pwkelley/clar_update

Update clar and add reliable rename for Win32

Merge pull request #995 from nulltoken/fix/issue_994

revparse: properly handle refnames containing a @

revparse: properly handle refnames containing a @

Fix #994

Update clar and add reliable rename for Win32

fetch: declare variables at the top of the block

Merge pull request #992 from carlosmn/fetch-cancel

remote: support fetch cancelation

remote: support fetch cancelation

Introduce git_remote_stop() which sets a variable that is checked by
the fetch process in a few key places. If this is variable is set, the
fetch is aborted.

Merge pull request #968 from arrbee/diff-support-typechange

Support TYPECHANGE records in status and adjust checkout accordingly

Fix minor bugs

Fixed no-submodule speedup of new checkout code.  Fixed missing
final update to progress (which may go away, I realize).  Fixed
unused structure in header and incorrect comment.

Merge pull request #972 from PaulThompson/separate_strarray

Separated git_strarray from common.h.  Added doxy comments.

Skip submodule checkout pass if no submodules

Skip the third pass of checkout (where submodules are checked out)
if the earlier passes found no submodules to be checked out.

Merge pull request #988 from pwkelley/pack-objects

Incremental improvements to pack-objects logic

Incremental improvements to pack-objects logic
Incorporate feedback for incr. improvements to pack-objects

Fix -Wunused-but-set-variable warning

Merge pull request #987 from pwkelley/pthread_cond

Support pthread_cond_* on Win32

test: Don't be so picky with failed lookups

Not found means not found, and the other way around.

Support pthread_cond_* on Win32

config: also free the XDG buffer

Merge pull request #952 from csware/config-locations

Config location fixes

Merge pull request #984 from arrbee/fix-fnmatch-and-ignore

Fix single file ignores

Merge pull request #985 from nulltoken/fix/leaks

test: fix some memory leaks

test: fix some memory leaks

Merge pull request #982 from nulltoken/clone/no-checkout

clone: Explicit support of no-checkout option

Fix single-file ignore checks

To answer if a single given file should be ignored, the path to
that file has to be processed progressively checking that there
are no intermediate ignored directories in getting to the file
in question.  This enables that, fixing the broken old behavior,
and adds tests to exercise various ignore situations.

Import DOS fix for fnmatch

Because fnmatch uses recursion, there were some input sequences
that cause seriously degenerate behavior.  This imports a fix
that imposes a max recursion limiter to avoid the worst of it.

Always use internal fnmatch, not system

Merge pull request #978 from nulltoken/fix/reset-hard

reset: prevent hard reset in a bare repository

test: fix some memory leaks

reset: prevent hard reset in a bare repository

clone: fix detection of remote HEAD

clone: Explicit support of no-checkout option

Merge pull request #969 from ben/network_category

Test category for live network tests

Clone: use libgit2's test repos

Tests: add "network" category

Split the clone tests into network and no-network suites.

Fix leak in the tests

Also introduce the slective ref trimming promised but also missed in
the previous commit.

refs: loosen the OID parsing

We used to require loose references to contain only an OID (possibly
after trimming the string). This is however not enough for letting us
lookup FETCH_HEAD, which can have a lot of content after the initial
OID.

Change the parsing rules so that a loose refernce must e at least 40
bytes long and the 41st (if it's there) must be accepted by
isspace(3). This makes the trim unnecessary, so only do it for
symrefs. This fixes #977.

Fix buffer overrun in git_buf_put_base64

Merge pull request #974 from nulltoken/EEXISTS

 Enforce returning of EEXISTS when trying to overwrite a reference

Merge pull request #973 from AndrejMitrovic/DBinding

Add link to D libgit2 bindings.

Add link to D libgit2 bindings.

tags: cover EEXISTS propagation upon creation

branches: cover EEXISTS propagation upon moving

branches: propagate EEXISTS upon creation

Separated git_strarray from common.h.  Added doxy comments.

refs: propagate EEXISTS upon renaming

tests: add a test for tag autofollow behaviour

Also tell ctest and valgrind to run libgit2_clar with '-iall' so we
run the network tests in travis.

Merge pull request #971 from arrbee/base64-encoder

Add git_buf_put_base64 to buffer API

http: don't discard the HEAD ref

The fix for fetching from empty repositories (22935b06d protocol:
don't store flushes; 2012-10-07) forgot to take into account the
deletion of the flush pkt in the HTTP transport. As a result, the HEAD
ref advertisement where we detect the remote's capabilities was
deleted instead. Fix this.

Add git_buf_put_base64 to buffer API

Fix clar issue

Update to latest clar

Move enum comments next to actual values

Merge pull request #803 from schu/gsoc-pack-objects

[GSoC] RFC: pack objects

fixup! gsoc-pack-objects WIP

Use khash instead of git.git's hashing algorithm.

gsoc-pack-objects WIP

Add diff-delta code from git.git

indexer: do not require absolute path

Enable pthread condition vars

Add git_tag_foreach

git_odb_object_free: don't segfault w/ arg == NULL

util: add git__compress()

Add complex checkout test and then fix checkout

This started as a complex new test for checkout going through the
"typechanges" test repository, but that revealed numerous issues
with checkout, including:

* complete failure with submodules
* failure to create blobs with exec bits
* problems when replacing a tree with a blob because the tree
  "example/" sorts after the blob "example" so the delete was
  being processed after the single file blob was created

This fixes most of those problems and includes a number of other
minor changes that made it easier to do that, including improving
the TYPECHANGE support in diff/status, etc.

Test data with lots of type changes

Cleanup TYPECHANGE support

This is just some cleanup code, rearranging some of the checkout
code where TYPECHANGE support was added and adding some comments
to the diff header regarding the constants.

Fix checkout to know about TYPECHANGE diffs

Introduce status/diff TYPECHANGE flags

When I wrote the diff code, I based it on core git's diff output
which tends to split a type change into an add and a delete.  But
core git's status has the notion of a T (typechange) flag for a
file.  This introduces that into our status APIs and modifies the
diff code so it can be forced to not split type changes.

Improve error propogation in checkout

Merge pull request #967 from arrbee/diff-submodule-tests-and-fixes

Diff submodule tests and fixes

Fix compiler warnings

* tests-clar/status: remove an unused variable
* clone: fix -Wmaybe-uninitialized warning

Merge pull request #949 from nulltoken/topic/deploy_repository_set_head

Deploy git_repository_set_head()

Add test for diffs with submodules and bug fixes

The adds a test for the submodule diff capabilities and then
fixes a few bugs with how the output is generated.  It improves
the accuracy of OIDs in the diff delta object and makes the
submodule output more closely mirror the OIDs that will be used
by core git.

Extend diff helpers for tests a little

Fix a few diff bugs with directory content

There are a few cases where diff should leave directories in
the diff list if we want to match core git, such as when the
directory contains a .git dir.  That feature was lost when I
introduced some of the new submodule handling.

This restores that and then fixes a couple of related to diff
output that are triggered by having diffs with directories in
them.

Also, this adds a new flag that can be passed to diff if you
want diff output to actually include the file content of any
untracked files.

Merge pull request #940 from scunz/diff_sm

Diff: Show submodule diff

Merge pull request #966 from pwkelley/icasefix

Fix a bug where ignorecase wasn't applied to ignores

Fix a bug where ignorecase wasn't applied to ignores

clone: fix cloning of empty repository

clone: reorganize tests

clone: leverage refspec transform

refspec: introduce git_refspec_transform_l()

clone: align type casing with convention

branch: deploy git_branch_is_head()

branch: introduce git_branch_is_head()

refs: deploy git_repository_set_head() usage

clone: deploy git_repository_set_head() usage

reset: make reset rely on git_repository_head()

branch: enhance branch moving test coverage

remote: use constants for well-known names

refs: use constants for well-known names

remote: only keep a weak pointer in update_tips

The reference is only needed inside the function. We mistakenly
increased the reference counter causing the ODB not to get freed and
leaking descriptors.

protocol: don't store flushes

Storing flushes in the refs vector doesn't let us recognize when the
remote is empty, as we'd always introduce at least one element into
it. These flushes aren't necessary, so we can simply ignore them.

Diff: Do not try to calculate an oid for a GITLINK.

We don't have anything useful that we could do with that oid anyway (We
need to query the submodule for the HEAD commit instead).

Without this, the following code creates the error "Failed to read
descriptor: Is a directory" when run against the submod2 test-case:

    const char* oidstr = "873585b94bdeabccea991ea5e3ec1a277895b698";
    git_tree* tree = resolve_commit_oid_to_tree(g_repo, oidstr);
    git_diff_list* diff = NULL;
    cl_assert(tree);
    cl_git_pass(git_diff_workdir_to_tree(g_repo, NULL, tree, &diff));

Extract submodule logic out of diff_output.c:get_workdir_content