rebase: correct documentation, CHANGELOG

rebase: include checkout opts within rebase opts

rebase: test checkout options for rebase

rebase: init and open take a rebase_options

`git_rebase_init` and `git_rebase_open` should take a
`git_rebase_options` and use it for future rebase operations on
that `rebase` object.

rebase: take `checkout_options` where appropriate

reset: `git_checkout_options` is `const`

rebase: block rebase_commit with unstaged changes

rebase: commit should return GIT_EUNMERGED

git_rebase_commit should return `GIT_EUNMERGED` when unmerged items
exist in the index, per the documentation.  Test that this is correct.

rebase: identify a rebase that has not started

In `git_rebase_operation_current()`, indicate when a rebase has not
started (with `GIT_REBASE_NO_OPERATION`) rather than conflating that
with the first operation being in-progress.

Merge pull request #3024 from git-up/diff_merge_fix

Make sure to also update delta->nfiles when merging diffs

Merge pull request #3016 from pks-t/ignore-exclude-fix

ignore: fix negative ignores without wildcards.

Merge pull request #2999 from pks-t/submodule-set-url

Implement git_submodule_set_branch.

Merge pull request #3047 from git-up/diff_fixes

Diff fixes

Merge pull request #3052 from jeffhostetler/jeffhostetler/memleak_test_core_mkdir

Fix memleak in test/core/mkdir reported by CRTDBG

Fix memleak in test/core/mkdir reported by CRTDBG

ignore: fix negative ignores without wildcards.

Merge pull request #3042 from libgit2/cmn/odd-slowdown

revwalk: detect when we're out of interesting commits

Merge pull request #3037 from libgit2/cmn/hide-then-push

Handle hide-then-push in the revwalk

Merge pull request #3039 from jeffhostetler/jeffhostetler/msvc_crtdbg

Add memory leak detection/reporting using MSVC CRTDBG facility.

Fixed GIT_DIFF_UPDATE_INDEX not being aware of executable bit changes

In the prior implementation, enabling GIT_DIFF_UPDATE_INDEX would overwrite
entries in the index with the ones generated from scanning the working if the
OID was the same.

Because this OID comparison ignores file modes, this means an file in the
workdir with only an exec bit difference with the one in the index would end
up being overwritten, resulting in the exec bit being loss. There might be
other related bugs but the fix of comparing OIDs and file modes should
address them all.

Removed unnecessary condition

The variable noid is guaranteed to be zero at this point of the code path.

Use git_oid_cpy() instead of memcpy()

Add MSVC CRTDBG memory leak reporting.

revwalk: detect when we're out of interesting commits

When walking backwards and marking parents uninteresting, make sure we
detect when the list of commits we have left has run out of
uninteresting commits so we can stop marking commits as
uninteresting. Failing to do so can mean that we walk the whole history
marking everything uninteresting, which eats up time, CPU and IO for
with useless work.

While pre-marking does look for this, we still need to check during the
main traversal as there are setups for which pre-marking does not leave
enough information in the commits. This can happen if we push a commit
and hide its parent.

revwalk: reword the push text

As it seems it's not quite clear what it means to push a commit, try to
be more explicit about adding a new root and that we may not see this
commit if it is hidden.

Implement git_submodule_set_branch.

Merge pull request #2974 from libgit2/cmn/clone-everything

Make sure to pack referenced objects for non-branches

Merge pull request #3030 from linquize/symlink_supported

If work_dir is not specified, use repo_dir to test if symlink is supported

Merge branch 'pr/3035'

Merge pull request #3038 from pks-t/fix-regcomp-retval-check

Fix checking of return value for regcomp.

Fix checking of return value for regcomp.

The regcomp function returns a non-zero value if compilation of
a regular expression fails. In most places we only check for
negative values, but positive values indicate an error, as well.
Fix this tree-wide, fixing a segmentation fault when calling
git_config_iterator_glob_new with an invalid regexp.

revwalk: don't insert uninteresting commits into the queue

When a commit is first set as unintersting and then pushed, we must take
care that we do not put it into the commit list as that makes us return
at least that commit (but maybe more) as we've inserted it into the list
because we have the assumption that we want anything in the commit list.

revwalk: add failing test for hiding and then pushing a commit

When we hide a commit which we later push into the revwalk, we do not
handle this well and return commits which we should not.

Merge pull request #3033 from pks-t/describe-oid-fallback

Fix describe without refs and OID fallbacks

ISO C90 forbids mixed declarations and code

GIT_UNUSED() macro generates code therefore it should be used after
variable declarations.

describe: only abort without tags if fallback is not allowed.

When no reference names could be found we did error out when trying to describe
a commit. This is wrong, though, when the option to fall back to a commit's
object ID is set.

describe example: enable building by default.

Test: Create repo in while current dir is readonly and checkout symlink

For bare repository, use repo_dir to test if symlinks are supported

Merge pull request #3031 from git-up/git_index_add

Entry argument passed to git_index_add_frombuffer() should be const

Entry argument passed to git_index_add_frombuffer() should be const

Merge pull request #3022 from ethomson/gitignore_vim

gitignore: ignore vim swapfiles

Make sure to also update delta->nfiles when merging diffs

When diffs are generated, the value for the 'nfiles' field of 'git_diff_delta'
will be consistent with the value in the 'status' field. Merging diffs can
modify the 'status' field of some deltas and the 'nfiles' field needs to be
updated accordingly.

gitignore: ignore vim swapfiles

Merge pull request #3011 from ethomson/filter_zero_tempbuf

Clear temporary buffer when filtering

filter: clear the temp_buf if we're using one

If we are using a temporary buffer for filtering, be sure to clear
it before using it, in case the file that we are filtering is empty.

Illustrate bad checkout on Windows

Merge pull request #3017 from ethomson/leaks

squash some leaks

squash some leaks

Merge pull request #2990 from leoyanggit/custom_param

Add a custom param to git_smart_subtransport_definition

Merge pull request #2986 from tkelman/mingw_winhttp

WinHTTP for MinGW

Merge pull request #2947 from libgit2/cmn/notes-buf

note: use a git_buf to return the default namespace

Merge pull request #2858 from pks-t/remote-squashed

examples: add remote example.

Merge pull request #3010 from ethomson/checkout_invalid_path_err

checkout: report correct invalid path

checkout: report correct invalid path

git: make sure to close the network stream

In case of a bad url or other error during the connection setup, we
close the stream via free.

Merge pull request #3003 from shawnl/master

fix changelog

fix changelog

Merge pull request #3000 from libgit2/vmg/mkdir-ext

mkdir-ext: Assume directories don't exist; fix all race cases

mkdir-ext: Retry lstat on EEXIST race

Use swprintf_s everywhere except mingw.org

examples: add remote example.

Merge pull request #2996 from ethomson/dll_comments

win32 resource: allow custom comments field in DLL

win32 resource: allow custom comments field in DLL

Merge pull request #2967 from jacquesg/merge-whitespace

Allow merges of files (and trees) with whitespace problems/fixes

Add a custom param to git_smart_subtransport_definition

The smart transport has already take the payload param. For the
sub transport a payload param is useful for the implementer.

Merge pull request #2993 from ethomson/clar_update

clar: update to 08f434d

Merge pull request #2955 from git-up/update_tips_fixes

Update tips fixes

Merge remote-tracking branch 'ethomson/submodule_8dot3'

Merge pull request #2985 from claudiuolteanu/patch-1

Lower case the include directive of windows header

Merge pull request #2983 from jeffhostetler/jeffhostetler/perf_merge_lazy_binary_check

PERF: In MERGE, lazily compute is_binary

clar: update to 08f434d

Merge pull request #2991 from sba1/fix-uninitialized-data-access-remote-update-tips

Initialize refs vector in git_remote_update_tips().

Initialize refs vector in git_remote_update_tips().

Otherwise, bailing out early when ls_to_vector() fails accesses
uninitialized memory.

local: recusrively insert non-branch objects into the packfile

When we insert e.g. a tag or tagged object into the packfile, we must
make sure to insert any referenced objects as well, or we will have
broken links.

Use the recursive version of packfile insertion to make sure we send
over not just the tagged object but also the objects it references.

tree: add more correct error messages for not found

Don't use the full path, as that's not what we are asserting does not
exist, but just the subpath we were looking up.

packbuilder: introduce git_packbuilder_insert_recur()

This function recursively inserts the given object and any referenced
ones. It can be thought of as a more general version of the functions to
insert a commit or tree.

clone: add failing test for local transport with a tag

When there is a tag, we must make sure that we get all referenced
objects from this tag as well. This failing test shows that e.g. when
there is a tagged tree, we insert the top tree but do not descend, thus
causing the clone to have broken links.

note: use a git_buf to return the default namespace

The caller has otherwise no way to know how long the string will be
allocated or ability to free it.

This fixes #2944.

set PKG_CONFIG_LIBDIR in toolchain-mingw32.cmake

Added changelog entries for whitespace and patience merges.

Merge pull request #2962 from libgit2/cmn/reflog-annotated

Add annotated versions of ref-modying functions

Merge pull request #2972 from libgit2/cmn/pack-objects-walk

[WIP] Smarter pack-building

Merge pull request #2982 from libgit2/cmn/stream-check-ec

Don't ask for a stream's certificate unless it's encrypted

Merge pull request #2977 from pks-t/submodule-sync-url-fix

Fix git_submodule_sync writing URL to wrong key.

use a different .def file for 64 bit

Lower case the include directive of windows header

Since the Linux platform has a case sensitive file system, the header name should be lower case for cross compiling purposes. (On Linux, the mingw header is called ```windows.h```).

Fix out-of-tree build

link against crypt32 for CertFreeCertificateContext

Fix build on mingw-w64

patch so mingw-w64 can build

Win32: Enable WinHTTP for MinGW

PERF: In MERGE, lazily compute is_binary

http: do not try to use the cert callback on unencrypted streams

When the user has a certificate check callback set, we still have to
check whether the stream we're using is even capable of providing a
certificate.

In the case of an unencrypted certificate, do not ask for it from the
stream, and do not call the callback.

Add failing test for cert callback with non-ecrypted stream

When we have an HTTP stream and have set the certificatre check
callback, we currently fail as we ask the unencrypted stream for its
certificate.

CHANGELOG: add notes about the annotated ref-modifying functions

Add tests for the annotated versions of ref-modifying functions

This also brings the soft-reset tests back to life. The function name
was missing an underscore, meaning they had not been running.

annotated_commit: provide a constructor from a revspec

This extra constructor will be useful for the annotated versions of
ref-modifying functions, as it allows us to create a commit with the
extended sha syntax which was used to retrieve it.

Add annotated commit versions of reflog-modifying functions

We do not always want to put the id directly into the reflog, but we
want to speicfy what a user typed. For this use-case we provide
annotated version of a few functions which let the caller specify what
user-friendly name was used when asking for the operation.

Added options to enable patience and minimal diff drivers

Collapse whitespace flags into git_merge_file_flags_t