merge cleanup should actually cleanup and the test should actually test

Correct typos in documentation

Revert "Tab align value of GIT_FILEMODE_BLOB_EXECUTABLE"

This reverts commit 47fbcbb5a8d4aad87371a381ebdadd04cde3fb2b.

Tab align value of GIT_FILEMODE_BLOB_EXECUTABLE

Merge pull request #1198 from nulltoken/travis/run-valgrind-on-success

travis: Only run Valgrind when all tests pass

travis: Only run Valgrind when all tests pass

Merge pull request #1196 from scunz/allow_clone_without_master_branch

Allow to clone repositories that don't have a `master` branch

Merge pull request #1197 from nulltoken/travis/run-online-tests

travis: Include the online suite when running against Travis

reset: Fix a memory leak

tests: Fix some memory leaks

clone: Fix a memory leak

travis: Include the online suite when running against Travis

Allow to clone repositories that don't have a `master` branch

Before this, we error out from `reference_matches_remote_head` if the
reference we're searching for does not exist.
Since we explicitly check if master is existing in `update_head_to_remote`
and error out if it doesn't, a repository without master branch could
not be cloned.
In fact this was later clobbered by what is fixed in #1194.

However, this patch introduces a `found` member in `head_info` and sets
it accordingly. That also saves us from checking the string length of
`branchname` a few times.

Merge pull request #1194 from libgit2/dont-clobber-errors

git_mwindow_file_deregister() shouldn't return errors

git_mwindow_file_deregister() shouldn't return errors

As a function that appears to only be called on error paths, I don't
think it makes sense for it to return an error, or clobber the global
giterr. Note that no existing callsites actually check the return
code.

In my own application, there are errors where the real error ends
up being hidden, as git_mwindow_file_deregister() clobbers the
global giterr. I'm not sure this error is even relevant?

Merge pull request #1131 from libgit2/correct-ahead-behind

Fix an issue with ahead-behind for lopsided traversal

Merge pull request #1193 from libgit2/no-newline-packed-refs

Handle packed refs with no trailing newline

Handle packed refs with no trailing newline

I saw a repo in the wild today which had a master branch ref which was packed, but had no trailing newline. Git handled it fine, but libgit2 choked on it. Fix seems simple enough. If we don't see a newline, assume the end of the buffer is the end of the ref line.

Merge pull request #1192 from arrbee/fix-win32-checkout-test

Fix win32 checkout test

Actually fix win32 checkout test

It turns out that using REMOVE_UNTRACKED with checkout for this
particular test was causing the .gitattributes file to be removed
and so we do have to allow for the CRs in the created file...

Fix crlf issue with checkout tests

Move some checkout utility functions into a shared file and fix
some crlf filtering issues when verifying file contents.

Merge pull request #1191 from maxpow4h/fix-format-string

Fixed size_t format string warning

Fixed size_t format string warning

Merge pull request #1118 from arrbee/fix-reset-hard

Fix checkout corner cases, index handling, and reset hard behavior

Fix checkout of index-only dirs and prefixed paths

There are a couple of checkout bugs fixed here.  One is with
untracked working directory entries that are prefixes of tree
entries but not in a meaningful way (i.e. "read" is a prefix of
"readme.txt" but doesn't interfere in any way).  The second bug
is actually a redo of 07edfa0fc640f85f95507c3101e77accd7d2bf0d
where directory entries in the index that are not in the diff
were not being removed correctly.  That fix remedied one case
but broke another.

Add index API to remove all files in a directory

This adds the git_index_remove_directory API plus tests.

Fix oid tostr issue with NULL oid

I made a small change to the behavior of this code and apparently
got it wrong. Sigh.

Fix checkout bug rmv untracked trees from index

When checking out with the GIT_CHECKOUT_REMOVE_UNTRACKED option
and there was an entire tree in the working directory and in the
index that is not in the baseline nor target commit, the tree was
correctly(?) removed from the working directory but was not
successfully removed from the index.  This fixes that and adds a
test of the functionality.

Fix memory leak with checkout tree iterator

Fixing checkout UPDATE_ONLY and adding tests

This adds a bunch of new checkout tests and in the process I found
a bug in the GIT_CHECKOUT_UPDATE_ONLY flag which I fixed.

Oh yeah, bugs from my rebase

Simplify checkout documentation

This moves a lot of the detailed checkout documentation into a new
file (docs/checkout-internals.md) and simplifies the public docs
for the checkout API.

Clone should use GIT_CHECKOUT_SAFE_CREATE

For clone to work as expected, it should be using a SAFE_CREATE
checkout (i.e. create files that are missing, even if the target
tree matches the current HEAD).

Extend tests for checkout with typechanges

Test a number of other cases, including intentionally forced
conflicts and deeper inspection that trees get created properly.

There is a still a bug in checkout because the first test here
(i.e. test_checkout_typechange__checkout_typechanges_safe) should
be able to pass with GIT_CHECKOUT_SAFE as a strategy, but it will
not because of some lingering submodule checkout issues.

Fix some submodule and typechange checkout cases

There were a bunch of small bugs in the checkout code where I was
assuming that a typechange was always from a tree to a blob or
vice versa.  This fixes up most of those cases.  Also, there were
circumstances where the submodule definitions were changed by the
checkout and the submodule data was not getting reloaded properly
before the new submodules were checked out.

Fix workdir notifications and removals

The notifications were broken from the various iterations over
this code and were not returning working dir item data correctly.
Also, workdir items that were alphabetically after the last item
in diff were not being processed.

Fix up spoolandsort iterator usage

The spoolandsort iterator changes got sort-of cherry picked out of
this branch and so I dropped the commit when rebasing; however,
there were a few small changes that got dropped as well (since the
version merged upstream wasn't quite the same as what I dropped).

Submodule caching fix and location API

This adds a new API to the submodule interface that just returns
where information about the submodule was found (e.g. config file
only or in the HEAD, index, or working directory).

Also, the old "refresh" call was potentially keeping some stale
submodule data around, so this simplfies that code and literally
discards the old cache, then reallocates.

Fix use of uninitialized variable

Improve error propagation in stash

Stash was sometimes obscuring the actual error code, replacing it
with a -1 when there was more descriptive value.  This updates
stash to preserve the original error code more reliably along
with a variety of other error handling tweaks.

I believe this is an improvement, but arguably, preserving the
underlying error code may result in values that are harder to
interpret by the caller who does not understand the internals.
Discussion is welcome!

Make git_oid_tostr use out buffer for NULL oid

Previously a NULL oid was handled like an empty buffer and
returned a status empty string.  This makes git_oid_tostr()
set the output buffer to the empty string instead.

Add index updating to checkout

Make checkout update entries in the index for all files that are
updated and/or removed, unless flag GIT_CHECKOUT_DONT_UPDATE_INDEX
is given.  To do this, iterators were extended to allow a little
more introspection into the index being iterated over, etc.

More checkout improvements

This flips checkout back to be driven off the changes between
the baseline and the target trees.  This reinstates the complex
code for tracking the contents of the working directory, but
overall, I think the resulting logic is easier to follow.

Rework checkout internals (again)

I've tried to map out the detailed behaviors of checkout and make
sure that we're handling the various cases correctly, along with
providing options to allow us to emulate "git checkout" and "git
checkout-index" with the various flags.  I've thrown away flags
in the checkout API that seemed like clutter and added some new
ones.  Also, I've converted the conflict callback to a general
notification callback so we can emulate "git checkout" output and
display "dirty" files.

As of this commit, the new behavior is not working 100% but some
of that is probably baked into tests that are not testing the
right thing.  This is a decent snapshot point, I think, along the
way to getting the update done.

Reorder operations in git reset

This corrects the order of operations in git reset so that the
checkout to reset the working directory content is done before
the HEAD is moved.  This allows us to use the HEAD and the index
content to know what files can / should safely be reset.

Unfortunately, there are still some cases where the behavior of
this revision differs from core git.  Notable, a file which has
been added to the index but is not present in the HEAD is
considered to be tracked by core git (and thus removable by a
reset command) whereas since this loads the target state into
the index prior to resetting, it will consider such a file to be
untracked and won't touch it.  That is a larger fix that I'll
defer to a future commit.

Failing test on git_checkout_tree when removing directories

Add failing test to demonstrate wrong checkout behaviour

missing error message is confusing

Clear error to avoid leaving invalid error behind

Update cl_git_pass to return more info

This adds a failure reporting function that is called by
cl_git_pass which captures the actual error return code and
the error message if available in the failure report.

clar: lolpython

clar: Corrupted pickles

Merge pull request #1174 from nulltoken/topic/soft_reset_with_index_conflicts

Prevent soft reset when index contains conflicts

clar: make it compatible with python3

clar: haha

clar: fix warning on Windows

Ignore clar.suite.rule

Fix git_index sorting with core.ignorecase in git_index_read

reset: Cannot soft reset with a conflicted index

Merge pull request #1189 from martinwoodward/tests-compliance

Add jGit license block to derrived tests

Add jGit license block to derrived tests

Add the jGit license block to tests derrived from jGit as per the
terms of the BSD license.

Merge branch 'clar2' into development

Conflicts:
src/pqueue.c
src/pqueue.h
src/util.c
tests-clar/merge/setup.c

clar: fix merge/setup.c

Remove whitespace

Add note in CONVENTIONS about inlined functions

Add Brian Downing to the hall of fame

MERGE_HEAD contents iterator

Give proper license notice to code from Android

The usage of the Android derrived code contains a full notice
which must be provided with the source code as per the terms
given at:
https://android.googlesource.com/platform/bionic/+/android-4.0.3_r1.1/libc/bionic/dirname_r.c

Add full license notice to bsearch code

The original BSD glibc code contains the notice as given at
http://opensource.apple.com/source/gcc/gcc-5666.3/libiberty/bsearch.c
and should be given in full along with the code.

Fix bug in gen_pktline() for deletes of missing remote refs

* gen_pktline() in smart_protocol.c was skipping refspecs that deleted
  refs that were not advertised by the server.  The new behavior is to
  send a delete command with an old-id of zero, which matches the behavior
  of the official git client.
* Update test_network_push__delete() in reaction to above fix.
* Obviate messy logic that handles missing push_spec rrefs by canonicalizing
  push_spec.  After calculate_work(), loid, roid, and rref, are filled in with
  exactly what is sent to the server

Add Apache license header back to libpqueue files

The original libpqueue file were licensed under Apache 2.0 so
therefore should retain their copyrights and header as per the
license terms at http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

expose merge metadata cleanup

add option to allow git note overwrite

Fix git__strncasecmp

notes.c - whitespace fix

Merge pull request #1184 from ethomson/mergehead_iterator

MERGE_HEAD contents iterator

Merge pull request #1183 from congyiwu/push_delete_fix

Fix bug in gen_pktline() for deletes of missing remote refs

Merge pull request #1188 from tnm/inline-convention

Inline convention

Remove whitespace

Add note in CONVENTIONS about inlined functions

Merge pull request #1187 from martinwoodward/give-props

Add Brian Downing to the hall of fame

Add Brian Downing to the hall of fame

Merge pull request #1186 from martinwoodward/compliance-audit

License Compliance Audit

MERGE_HEAD contents iterator

Give proper license notice to code from Android

The usage of the Android derrived code contains a full notice
which must be provided with the source code as per the terms
given at:
https://android.googlesource.com/platform/bionic/+/android-4.0.3_r1.1/libc/bionic/dirname_r.c

Add full license notice to bsearch code

The original BSD glibc code contains the notice as given at
http://opensource.apple.com/source/gcc/gcc-5666.3/libiberty/bsearch.c
and should be given in full along with the code.

Fix bug in gen_pktline() for deletes of missing remote refs

* gen_pktline() in smart_protocol.c was skipping refspecs that deleted
  refs that were not advertised by the server.  The new behavior is to
  send a delete command with an old-id of zero, which matches the behavior
  of the official git client.
* Update test_network_push__delete() in reaction to above fix.
* Obviate messy logic that handles missing push_spec rrefs by canonicalizing
  push_spec.  After calculate_work(), loid, roid, and rref, are filled in with
  exactly what is sent to the server

Add Apache license header back to libpqueue files

The original libpqueue file were licensed under Apache 2.0 so
therefore should retain their copyrights and header as per the
license terms at http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Merge pull request #1185 from ethomson/cleanup_merge

expose merge metadata cleanup

expose merge metadata cleanup

Fix core::env cleanup code

Mark fake home directories that failed to be created, so we won't
try to remove them and have cleanup just use p_rmdir.

Status tests...

Even more cleanups

Proper cleanup jeez

Move test cleanup into cleanup functions

Cleanup after tests

Tests should clean up after themselves

Merge pull request #1181 from nvloff/allow_note_overwrite

Allow note overwrite

add option to allow git note overwrite

Fix git__strncasecmp