define "long name" in git_reference_name_to_id

Merge pull request #1596 from grimreaper/development

Initialize loose_deleted before it is used for a check later on.

Initialize loose_deleted before it is used for a check later on.

Merge pull request #1568 from nulltoken/topic/revparse_ext

Introduce git_revparse_ext()

revparse: Make revparse_ext() return git_reference from names as well

revparse: Introduce git_revparse_ext()

Expose a way to retrieve, along with the target git_object, the reference
pointed at by some revparse expression (`@{<-n>}` or
`<branchname>@{upstream}` syntax).

revparse: Simplify temporary reference freeing

Merge pull request #1558 from bmorganpa/ssh_transport

SSH Transport

Merge pull request #1590 from arrbee/examples-like-git

Add cat-file to examples (with some public API improvements)

Merge pull request #1591 from arrbee/reorder-reuc-read-for-safety

Ensure reuc vector is always valid

Ensure reuc vector is always valid

In theory, if there was a problem reading the REUC data, the
read_reuc() routine could have left uninitialized and invalid
data in the git_index vector.  This moves the line that inserts a
new entry into the vector down to the bottom of the routine so we
know all the content is already valid.  Also, per @linquize, this
uses calloc to ensure no uninitialized data.

Merge pull request #1574 from linquize/calloc

Use calloc() for safety

Make examples/diff.c compile vs threadsafe library

Add cat-file example and increase const use in API

This adds an example implementation that emulates git cat-file.
It is a convenient and relatively simple example of getting data
out of a repository.

Implementing this also revealed that there are a number of APIs
that are still not using const pointers to objects that really
ought to be.  The main cause of this is that `git_vector_bsearch`
may need to call `git_vector_sort` before doing the search, so a
const pointer to the vector is not allowed.  However, for tree
objects, with a little care, we can ensure that the vector of
tree entries is always sorted and allow lookups to take a const
pointer.  Also, the missing const in commit objects just looks
like an oversight.

calloc() to initialize memory

Merge pull request #1586 from jamill/fetch_fix

Fetch should not fail when remote HEAD reference is not present locally

Merge pull request #1579 from arrbee/index-entry-dup-and-free

Index entry dup and free

Update index.h docs

Move the git_index_entry to the very top, since it provides the
main structure that needs to be understood by the reader, then
move the bitmasks for the flags and the flags_extended under that
since they are details for looking at particular fields of the
structure.

Remove entry dup/free functions and fix comments

This removes the functions to duplicate and free copies of a
git_index_entry and updates the comments to explain that you
should just use the public definition of the struct as needed.

Add APIs to dup and free git_index_entrys

This adds git_index_entry_dup to make a copy of an existing entry
and git_index_entry_free to release the memory of the copy.  It
also updates the documentation for git_index_get_bypath and
git_index_get_byindex to make it clear that the returned structure
should *not* be modified.

Improve docs for git_index_entry flag masks

The constants for extracting data from git_index_entry flags and
flags_extended are not named in a way that makes it easy to know
where to use each one.  This improves the docs for the flags (and
slightly reorganizes them), so it should be more obvious.

Merge pull request #1588 from arrbee/fixes-for-checkout-and-diff

Bug fixes for checkout and diff

Merge pull request #1578 from nulltoken/fix/whitespaces

Fix trailing whitespaces

Use GIT_IDXENTRY_STAGE macro

Since I added the GIT_IDXENTRY_STAGE macro to extract the stage
from a git_index_entry, we probably don't need an internal inline
function to do the same thing.

Improve robustness of diff rename detection

Under some strange circumstances, diffs can end up listing files
that we can't actually open successfully.  Instead of aborting
the git_diff_find_similar, this makes it so that those files just
won't be considered as valid rename/copy targets instead.

Fix checkout of submodules with no .gitmodules

It is possible for there to be a submodule in a repository with
no .gitmodules file (for example, if the user forgot to commit
the .gitmodules file).  In this case, core Git will just create
an empty directory as a placeholder for the submodule but
otherwise ignore it.  We were generating an error and stopping
the checkout.  This makes our behavior match that of core git.

Remove old symlinks before updating

Unlike blob updates, symlink updates cannot be done "in place"
writing over an old symlink.  This means that in checkout when we
realize that we can safely update a symlink, we still need to
remove the old one before writing the new.

Fix diff crash when last item is untracked dir

When the last item in a diff was an untracked directory that only
contained ignored items, the loop to scan the contents would run
off the end of the iterator and dereference a NULL pointer.  This
includes a test that reproduces the problem and a fix.

Fix trailing whitespaces

Fetch should not fail when remote HEAD reference is not present locally

Added GITERR_CHECK_ALLOC

Changed case of FindLibSSH2.cmake to FindLIBSSH2.cmake

Renamed FindLibSSH2.cmake

Added GITERR_CHECK_ALLOC

Reworked git_cred_ssh_keyfile_passphrase_new method

Added error check

Cleanup

signature: Lenient when dupping, strict when creating

Merge pull request #1583 from linquize/whitespace

Unify whitespaces to tabs

Unify whitespaces to tabs

Extend valgrind suppressions on Mac

Merge pull request #1580 from carlosmn/cmake-describe

CMake: vendor strings

Merge pull request #1582 from dmgctrl/checkout_symlink_fix

Create directory for symlink before creating symlink

Merge pull request #1581 from nulltoken/fix/leaks

Fix some memory leaks

CMake: allow appending a string to the library filename

This helps us install multiple versions of the library side-by-side.

Create directory for symlink before creating symlink

Fix some memory leaks

CMake: don't try to use bundled zlib when the system's path is in the cache

The code surrounding zlib bundling did not take into consideration
that ZLIB_LIBRARY gets cached, and assumed that FIND(ZLIB) would
always set ZLIB_FOUND, which does not hold true, as this variable
signifies that we have found the package and had to look at the
system, as its location was not cached.

Only use the bundled sources if the external zlib is neither
newly-found nor cached.

Merge pull request #1575 from arrbee/ref-iterator-early-exit

Fix refdb iteration early termination bug

Fix refdb iteration early termination bug

There was a problem found in the Rugged test suite where the
refdb_fs_backend__next function could exit too early in some
very specific hashing patterns for packed refs.  This ports
the Rugged test to libgit2 and then fixes the bug.

Merge pull request #1569 from linquize/msvc-sdl

Fix broken build when MSVC SDL checks is enabled

Fix broken build when MSVC SDL checks is enabled

Merge pull request #1385 from carlosmn/refs-iter

Introduce a refs iterator

Introduce a glob-filtering iterator

If the backend doesn't provide support for it, the matching is done in
refdb on top of a normal iterator.

Move a couple more functions to use iterators

refs: remove the OID/SYMBOLIC filtering

Nobody should ever be using anything other than ALL at this level, so
remove the option altogether.

As part of this, git_reference_foreach_glob is now implemented in the
frontend using an iterator. Backends will later regain the ability of
doing the glob filtering in the backend.

refs: implement _foreach with the iterator

Add iterator support to the testdb backend

Remove outdated test

Selecting wether to list loose or packed references is not something
we want to support anymore, so remove a test for this.

Make sure the ref iterator works in an repo without physical presence

refdb_fs: don't crash when the repo doesn't have a path

refs: introduce an iterator

This allows us to get a list of reference names in a loop instead of callbacks.

Merge pull request #1571 from arrbee/what-if-ignorecase-lies

Improve ignore handling in git_status_file

Merge pull request #1572 from arrbee/diff-patch-with-rename

Fix diff output for renames and copies

Merge pull request #1573 from nulltoken/fix/leaks

Fix some memory leaks

Fix some memory leaks

Fix diff output for renames and copies

If you use rename detection, the renamed and copied files would
not show any text diffs because the function that decides if
data should be loaded didn't know which sides of the diff to
load for those cases.

This adds a test that looks at the patch generated for diff
entries that are COPIED or RENAMED.

Improve ignore handling in git_status_file

The git_status_file API was doing a hack to deal with files that
are inside ignored directories.  The status scan was not reporting
any file in this case, so git_status_file would attempt a final
"stat()" call, and return IGNORED if the file actually existed.

On case-insensitive filesystems where core.ignorecase is set
incorrectly, this magic check can "succeed" and report a file
as ignored when it should actually return ENOTFOUND.

Now that we have the GIT_STATUS_OPT_RECURSE_IGNORED_DIRS, we can
use that flag to make sure that git_status_file() will look into
ignored directories and eliminate the hack completely, so we give
the correct error.

Removed ifdef

clone: fix -Wmaybe-uninitialized warning

Moved libssh2 sign callback into typedef

Changed to use libssh2_channel_exec

Renaming

Merge pull request #1566 from ethomson/ref_zero

calloc refs instead of malloc'ing them

calloc refs instead of malloc'ing them

Merge pull request #1563 from arrbee/doc-fix-repo-message

Fix git_repository_message docs

Fix git_repository_message docs

This clarifies the docs for git_repository_message and also adds
to the tests to explicitly check NUL termination of data when the
output buffer is smaller than the message size.  There is a minor
behavior change so that a non-NULL output buffer will always be
NUL terminated (at length zero) if an error occurs.

Merge pull request #1560 from carlosmn/ref-dwim

Expose git_reference_dwim

Merge pull request #1561 from arrbee/fix-windows-diff-eofnl

Fix windows diff eofnl error

Fix dumb type in time comparison

Merge pull request #1552 from carlosmn/config-helpers

Config helpers for global/xdg config files

Expose git_reference_dwim

Extract this function out of the rev-parse code to be able to DWIM a
reference instead of its target.

config: convenience function to open global/xdg

The rules for which one to open is a bit silly, so let's make it
easier for our users.

repo: unconditionally create a global config backend

When a repository is initialised, we need to probe to see if there is
a global config to load. If this is not the case, the user isn't able
to write to the global config without creating the backend and adding
it themselves, which is inconvenient and overly complex.

Unconditionally create and add a backend for the global config file
regardless of whether it exists as a convenience for users.

To enable this, we allow creating backends to files that do not exist
yet, changing the semantics somewhat, and making some tests invalid.

Added ifdef

Merge remote-tracking branch 'origin/development' into ssh_transport

Added libssh2 cmake module

Fixed compilation issues when libssh2 is missing

Added SSH public key authentication

Merge pull request #1557 from carlosmn/tagopt

remote: correctly interpret tagopt '--tags'

Fix win32 type warnings

remote: correctly interpret tagopt '--tags'

When tagopt is set to '--tags', we should only take the default tags
refspec into account and ignore any configured ones.

Bring the code into compliance.

Merge pull request #1556 from arrbee/diff-patch-fixes

Diff patch bug fixes

Fix line numbering for patches with eofnl

When a patch contained an eofnl change (i.e. the last line either
gained or lost a newline), the oldno and newno line number values
for the lines in the last hunk of the patch were not useful.  This
makes them behave in a more expected manner.

Improve diff function docs

More tests for files with no newline at end

Add GIT_DIFF_LINE_CONTEXT_EOFNL

This adds a new line origin constant for the special line that
is used when both files end without a newline.

In the course of writing the tests for this, I was having problems
with modifying a file but not having diff notice because it was
the same size and modified less than one second from the start of
the test, so I decided to start working on nanosecond timestamp
support.  This commit doesn't contain the nanosecond support, but
it contains the reorganization of maybe_modified and the hooks so
that if the nanosecond data were being read by stat() (or rather
being copied by git_index_entry__init_from_stat), then the nsec
would be taken into account.

This new stuff could probably use some more tests, although there
is some amount of it here.

Merge pull request #1551 from nvloff/set_upstream_local_branch

fix git_branch_set_upstream for local branches

Merge pull request #1554 from sba1/sort-amiga-fix

Fixed qsort_r() problem when targeting AmigaOS.

Fixed qsort_r() problem when targeting AmigaOS.

We fall back to the libgit2-provided insert sort as done for other
platforms.