Fix warnings and merge issues on Win64

Some cleanup suggested during review

This cleans up a number of items suggested during code review
with @vmg, including:

* renaming "outside repo" config API to `git_config_open_default`
* killing the `git_config_open_global` API
* removing the `git_` prefix from the static functions in fileops
* removing some unnecessary functionality from the "cp" command

Don't reference stack vars in cleanup callback

If you use the clar cleanup callback function, you can't pass a
reference pointer to a stack allocated variable because when the
cleanup function runs, the stack won't exist anymore.

fix missing validation and type cast warning

Add template dir and set gid to repo init

This extends git_repository_init_ext further with support for
initializing the repository from an external template directory
and with support for the "create shared" type flags that make a
set GID repository directory.

This also adds tests for much of the new functionality to the
existing `repo/init.c` test suite.

Also, this adds a bunch of new utility functions including a
very general purpose `git_futils_mkdir` (with the ability to
make paths and to chmod the paths post-creation) and a file
tree copying function `git_futils_cp_r`.  Also, this includes
some new path functions that were useful to keep the code
simple.

Add git_repository_init_ext for power initters

The extended version of repository init adds support for many
of the things that you can do with `git init` and sets up
structures that will make it easier to extend further in the
future.

Minor bug fixes in diff code

In looking at PR #878, I found a few small bugs in the diff code,
mostly related to work that can be avoided when processing tree-
to-tree diffs that was always being carried out.  This commit has
some small fixes in it.

Merge pull request #891 from arrbee/internal-ignore-api

API for managing in-memory ignore rules

Wrap up ignore API and add tests

This fills out the ignore API and adds tests.

Add public API for internal ignores

This creates a public API for adding to the internal ignores
list, which already existing but was not accessible.

This adds the new default value for core.excludesfile also.

Merge pull request #889 from nulltoken/filemode-enum

Filemode enum

tree entry: rename git_tree_entry_attributes() into git_tree_entry_filemode()

filemode: deploy enum usage

filemode: introduce enum to ease use of attributes

Win32: test core.autocrlf

Tests: close file handles before asserting

Avoids getting ERROR_SHARING_VIOLATION on win32
and killing the entire clar run.

Merge pull request #884 from carlosmn/global-windows

Make the memory-window conrol structures global

Make the memory-window conrol structures global

Up to now, the idea was that the user would do all the operations for
one repository in the same thread. Thus we could have the
memory-mapped window information thread-local and avoid any locking.

This is not practical in a few environments, such as Apple's GCD which
allocates threads arbitrarily or the .NET CLR, where the OS-level
thread can change at any moment.

Make the control structure global and protect it with a mutex so we
don't depend on the thread currently executing the code.

Merge pull request #879 from nulltoken/deprecated-mode

Handling of 100664 deprecated mode in tree entries

treebuilder: enhance attributes handling on insertion

Add deprecated-mode.git test repository

Merge pull request #778 from ben/clone

Clone

Merge pull request #877 from nulltoken/minor-fixes

Minor fixes

refs: fix missing parameter documentation

notes: slight documentation enhancements

Fix compilation warning

tests: fix tree walking test

Return -1 to stop the iteration instead of not-0

Merge pull request #873 from carlosmn/tree-walk

git_tree_walk callback return value semantic does not match documentation

Merge pull request #875 from arrbee/fix-message-prettify-length-check

Fix message prettify length check

Make git_message_prettify return bytes written

If you want to be absolutely safe with git_message_prettify, you
can now pass a NULL pointer for the buffer and get back the number
of bytes that would be copied into the buffer.

This means that an error is a non-negative return code and a
success will be greater than zero from this function.

Merge pull request #871 from joshtriplett/fix-note_foreach-docs

git_note_foreach: Fix documentation for notes_ref parameter

Merge pull request #870 from joshtriplett/fix-note_create-docs

git_note_oid: Fix the documentation to reference parameters using the correct names

Merge pull request #872 from joshtriplett/fix-note_remove-docs

git_note_create: Copyediting on documentation for the oid parameter

Merge pull request #867 from joshtriplett/fix-array-size-for-git_config_get_mapped

Fix incorrect array size in example for git_config_get_mapped

Merge pull request #866 from arrbee/fix-config-file-parsing

Config file parser includes = in name if no space around it

tree: allow the user to skip an entry or cancel the walk

Returning a negative cancels the walk, and returning a positive one
causes us to skip an entry, which was previously done by a negative
value.

This allows us to stay consistent with the rest of the functions that
take a callback and keeps the skipping functionality.

tree: bring back the documented behaviour for a walk

However, there should be a way to cancel the walk and another to skip
the entry.

Clean up code

Okay, this is probably cleaner and it is also less net change
from the original version

git_note_remove: Copyediting on documentation for the oid parameter

Check prettify message output buffer after cleanup

This makes the message prettify buffer length check accurate.

Fix config parser boundary logic

The config file parser was not working right if there was no
whitespace between the value name and the equals sign.  This
fixes that.

git_note_foreach: Fix documentation for notes_ref parameter

git_note_oid: Fix the documentation to reference parameters using the correct names

Fix incorrect array size in example for git_config_get_mapped

In the documentation for git_config_get_mapped, the sample mapping
array uses [3] but has 4 entries.  Fix by dropping the size entirely and
letting the compiler figure it out.

Merge pull request #863 from joshtriplett/export-git_attr_value

Export git_attr_value

Export git_attr_value

Commit 0c9eacf3d2c83256736a5bb2a240e73afd13d55f introduced the function
git_attr_value and switched the GIT_ATTR_* macros to use it, but
attempting to use that function leads to a linker error (undefined
reference to `git_attr_value').  Export git_attr_value so programs can
actually call it.

sha1: add missing header guards

oid: Explicitly include `oid.h` for the inlined CMP

Merge pull request #861 from josh/parse-chomped-oid

Parse ref oids without trailing newline

Merge remote-tracking branch 'arrbee/rtrim-loose-refs' into parse-chomped-oid

Revert implementation changes

Ignore ref oid terminator

Test trailing space after ref oid

trim whitespace when parsing loose refs

Parse ref oids without trailing newline

Fix iterator check and return value

There is a little cleanup necessary from PR #843.  Since the
new callbacks return `GIT_EUSER` we have to be a little careful
about return values when they are used internally to the library.

Also, callbacks should be checked for non-zero return values,
not just less than zero.

Checkout: fix memory leak in tests.

test: Open ODB on each test suite

remotes: Proper return for `git_remote_ls`

Merge remote-tracking branch 'arrbee/tree-walk-fixes' into development

Conflicts:
src/notes.c
src/transports/git.c
src/transports/http.c
src/transports/local.c
tests-clar/odb/foreach.c

remote: add missing include git2/remote.h

Otherwise we get an incomplete type error, since git_remote_callbacks
isn't declared yet.

Add new iteration behavior to git_tree_walk

Missed this one, ironically enough.

Update iterators for consistency across library

This updates all the `foreach()` type functions across the library
that take callbacks from the user to have a consistent behavior.
The rules are:

* A callback terminates the loop by returning any non-zero value
* Once the callback returns non-zero, it will not be called again
  (i.e. the loop stops all iteration regardless of state)
* If the callback returns non-zero, the parent fn returns GIT_EUSER
* Although the parent returns GIT_EUSER, no error will be set in
  the library and `giterr_last()` will return NULL if called.

This commit makes those changes across the library and adds tests
for most of the iteration APIs to make sure that they follow the
above rules.

filebuf: Check the return value for `close`

win32: set errno to ENOENT or ENOTDIR when appropriate in do_lstat

Merge remote-tracking branch 'nulltoken/topic/amd64-compat' into development

Conflicts:
src/netops.c
src/netops.h
src/oid.c

Merge pull request #850 from libgit2/attr-export

attr: Do not export variables externally

repository: Indentation

Merge pull request #848 from carlosmn/pending-message

repository: add a getter and remove function for git's prepared message

attr: Do not export variables externally

Fixes #824

Exporting variables in a dynamic library is a PITA. Let's keep
these values internally and wrap them through a helper method.

This doesn't break the external API. @arrbee, aren't you glad I turned
the `GIT_ATTR_` macros into function macros? :sparkles:

Merge pull request #849 from scunz/git_caps

Add function to query for compile time settings.

Clean up a TODO comment.

Add function to query for compile time settings.

repository: add a getter and remove function for git's prepared message

The 'git revert/cherry-pick/merge -n' commands leave .git/MERGE_MSG
behind so that git-commit can find it. As we don't yet support these
operations, users who are shelling out to let git perform these
operations haven't had a convenient way to get this message.

These functions allow the user to retrieve the message and remove it
when she's created the commit.

Add documentation for clone methods.

Checkout: fix problem with detached HEAD.

Add checkout.h to git2.h.

Also correcting some documentation strings.

Checkout: fix crlf tests under win32.

Checkout: crlf filter.

Checkout: handle file modes properly.

Global file mode override now works properly with
the file mode stored in the tree node.

Merge pull request #826 from carlosmn/config-find-error

git_config_find_* does not set a git error

Merge pull request #837 from carlosmn/travis

travis: be more idiomatic with the environment

Merge pull request #833 from carlosmn/odb-one

odb: allow creating an ODB backend from a packfile index

Try to fix Travis.

Rename example function to avoid name collision.

Checkout: save index on checkout.

Merge pull request #840 from carlosmn/remote-unify

Unify the transport code

Enable stats on git_index_read_tree.

Replace with the contents of
git_index_read_tree_with_stats() and improve
documentation comments.

Add clone to the network example.

Checkout: use git_index_read_tree_with_stats.

New variant of git_index_read_tree that fills in
the 'total' field of a git_indexer_stats struct
as it's walking the tree.

transport: rename encrypt to use_ssl

SSL isn't the only way that a transport can be encrypted. The new name
will make it easier to merge the SSH support.

fetch: remove timeout code

ssl: use the callback instead of ifs to determine how to get data

Using the callbacks makes it clearer and reduces the amount of #ifdefs
and ifs and we need in the code.

examples: fix warnings in network/

transport: store the refs in a common area

Instad of each transport having its own function and logic to get to
its refs, store them directly in transport.

Leverage the new gitno_buffer to make the parsing and storing of the
refs use common code and get rid of the git_protocol struct.

remote: use the same code to control git and http

This allows us to add capabilitites to both at the same time, keeps
them in sync and removes a lot of code.

gitno_buffer now uses a callback to fill its buffer, allowing us to
use the same interface for git and http (which uses callbacks).

network: implement multi_ack for the git transport

remote: start moving the protocol to a common area

For the transition, http is going to keep its own logic until the
git/common code catches up with the implied multi_ack that http
has. This also has the side-effect of making the code cleaner and more
correct regardingt he protocol.

Merge pull request #847 from schu/inline-oid-cmp

git_oid_cmp: inline memcmp by hand to optimize

git_oid_cmp: inline memcmp by hand to optimize

git.git uses an inlined hashcmp function instead of memcmp, since it
performes much better when comparing hashes (most hashes compared
diverge within the first byte).

Measurements and rationale for the curious reader:
http://thread.gmane.org/gmane.comp.version-control.git/172286